ファクタリング手数料と仕入税額控除｜非課税の理由と例外

ファクタリング手数料は消費税の非課税取引です。そのため、手数料を支払っても仕入税額控除の対象にはなりません。消費税が課税されていないものを控除することはできないためです。

ただし、ファクタリングに関わる支払いのすべてが非課税というわけではありません。債権譲渡登記の司法書士報酬や振込手数料は課税仕入れにあたり、控除の対象になります。この記事では、非課税になる根拠と控除できる範囲を、国税庁の一次情報をもとに整理します。基本的な仕組みは ファクタリングとは を確認してください。

ファクタリング手数料が非課税である根拠

法律・政令・通達の3段構え

ファクタリングは売掛金（金銭債権）の譲渡です。手数料の本体は、債権の額面と買取価額の差額（買取差益）にあたります。これが非課税になる根拠は次のとおりです。

段階	根拠	定めている内容
法律	消費税法 別表第二 第3号	利子を対価とする貸付金等は非課税
政令	消費税法施行令 第10条第3項第8号	金銭債権の譲受けその他の承継を含む
通達	消費税法基本通達 6-3-1(10)	金銭債権の買取又は立替払に係る差益

国税庁の質疑応答事例では、割引料・保証料・手数料はその名目にかかわらず、金銭債権の譲受けの対価として非課税と整理されています。請求書に「手数料」と書かれていても、それが買取差益であれば非課税です。

具体的にどうなるか

手数料10%で100万円の請求書を譲渡した場合、手数料10万円に消費税は加算されません。「10万円＋消費税1万円」という請求にはならず、10万円がそのまま手数料です。見積書に「手数料10万円（税込）」と書かれていた場合は、消費税が含まれているのではなく、別建ての課税費用が混ざっている可能性があります。

仕入税額控除との関係

控除できない理由

仕入税額控除は、課税仕入れにかかった消費税額を、課税売上にかかる消費税額から差し引く仕組みです。ファクタリング手数料には消費税が課税されていないため、差し引く対象そのものがありません。

項目	消費税	仕入税額控除
ファクタリング手数料（買取差益）	非課税	対象外
銀行融資の利息	非課税	対象外
通常の業務委託料	課税	控除できる
司法書士報酬・振込手数料	課税	控除できる

銀行の融資利息が控除できないのと同じ構造だと考えると分かりやすいはずです。どちらも資金調達にかかる費用ですが、消費税の対象外という点で共通しています。資金調達の手段を比べるときは、手数料や金利に消費税が上乗せされない前提で、負担額をそのまま並べて比較できます。

控除できる費用もある

ファクタリングに付随する支払いのうち、次のものは課税仕入れです。

費目	区分	控除を受けるための条件
司法書士報酬（債権譲渡登記の代行）	課税	適格請求書と帳簿の保存
振込手数料	課税	同上
事務手数料（買取差益と別建て）	課税	同上
コンサルティング料・紹介手数料	課税	同上
登録免許税・印紙税	対象外	税金のため対象外

つまり、控除できるかどうかは支払いが何に対する対価かで決まります。判定の手順は ファクタリング消費税の課税区分判定 にまとめています。

見積書が合算されている場合

買取差益と事務手数料が「手数料一式」としてまとめられていると、控除できる部分を切り出せません。結果として、本来受けられる控除を落とすことになります。契約前に内訳の開示を求めてください。応じない会社は、税務処理ができないだけでなく、実質的な負担額を他社と比べることもできません。

立場ごとの影響

本則課税の課税事業者

付帯費用について適格請求書を保存し、控除を受けます。手数料の本体は非課税なので計算に入りません。経理では、買取差益と付帯費用を別の科目にしておくと、税区分を科目ごとに設定できて手間が減ります。

簡易課税事業者

売上にかかる消費税額にみなし仕入率を掛けて計算するため、個別の課税仕入れについて適格請求書を保存しなくても控除が認められます。2割特例・3割特例を使っている場合も同じです。付帯費用の請求書を集める負担は軽くなります。制度の詳細は 消費税簡易課税事業者の処理 を参照してください。

免税事業者

消費税の納税義務がないため、控除の計算そのものがありません。支払った金額はそのまま経費として処理します。判定に神経を使う必要はありませんが、条件比較のために内訳は確認してください。

会計処理

仕訳の例

売掛金100万円を手数料10万円で譲渡した場合です。

取引段階	借方	貸方
ファクタリング契約	現金預金 900,000 売上債権売却損 100,000（非課税）	売掛金 1,000,000

会計ソフトの税区分

自動仕訳では、ファクタリング会社からの請求が既定で課税仕入れとして取り込まれることがあります。「売上債権売却損」の税区分が非課税仕入になっているかを確認してください。設定を誤ったまま申告すると控除しすぎになり、修正申告が必要になります。

手数料の勘定科目は「売上債権売却損」または「支払手数料」が一般的です。詳しくは ファクタリングの仕訳と勘定科目 を参照してください。

インボイス制度との関係

手数料には適格請求書が交付されない

適格請求書の交付義務を定めた消費税法第57条の4第1項は、対象を「国内において課税資産の譲渡等を行つた場合」としています。非課税取引は含まれないため、手数料について適格請求書は交付されません。

したがって、ファクタリング会社が適格請求書発行事業者かどうかを、会社選びの基準にする必要はありません。手数料の扱いは登録の有無で変わらないためです。会社は手数料の水準・入金までの日数・契約条件で比べてください。

影響が出るのは元の取引のほう

ファクタリングで譲渡する売掛金は、自社が売掛先へ商品やサービスを提供して生じたものです。こちらは課税取引なので、インボイス制度の対象になります。自社が適格請求書発行事業者なら、売掛先は請求書をもとに控除を受けられます。

自社が免税事業者の場合の経過措置

自社が登録していない場合、売掛先は仕入税額控除を一部しか受けられません。この経過措置は令和8年度税制改正で見直され、割合が段階的に下がります。

期間	売掛先が控除できる割合
2026年9月30日まで	80%
2026年10月1日〜2028年9月30日	70%
2028年10月1日〜2030年9月30日	50%
2030年10月1日〜2031年9月30日	30%
2031年10月1日以降	適用なし

改正前は2026年10月から50%に下がる予定だったため、改正前に書かれた解説とは数字が食い違います（出典: 国税庁 令和8年度税制改正特集）。売掛先の負担が増えると取引条件の見直しにつながり、買い取ってもらえる債権の金額にも影響します。免税事業者の判断材料は 免税事業者のファクタリング で整理しています。

控除を受けるための保存

帳簿と請求書の両方が要る

課税仕入れについて控除を受けるには、帳簿と請求書等の両方の保存が必要です。どちらか一方では要件を満たしません。

保存期間は、帳簿はその閉鎖の日、請求書等は受領した日の属する課税期間の末日の翌日から2か月を経過した日から7年間です。ただし6年目と7年目は、帳簿か請求書等のいずれか一方を保存すればよいとされています（出典: 国税庁 No.6496 仕入税額控除をするための帳簿及び請求書等の保存）。

電子で受け取った場合

ファクタリングでは、契約書・明細・請求書が電子でやり取りされることが多くなっています。電子データで受け取ったものは、電子帳簿保存法に沿った保存が必要です。受け取り方ごとに保存先を決めておくと、後から探す手間がなくなります。詳しくは 電子帳簿保存法対応のファクタリング書類管理 を参照してください。

処理を間違えたときの直し方

申告のあとで気づくこともあります。方向によって手続きが変わります。

間違いの内容	手続き	期限
非課税の手数料を課税仕入れとして控除していた	修正申告	気づいた時点で早く（延滞税が増える）
課税の付帯費用を控除し損ねていた	更正の請求	法定申告期限から5年以内

更正の請求の期限は国税通則法第23条が定めています。どちらの手続きでも、契約書と請求書が根拠になります。判定に迷った書類ほど、後から見返せるようにまとめておいてください。

契約前に確認すること

• 手数料が「買取差益」として示されているか（額面と買取価額の両方が書かれているか）。
• 別建ての事務手数料があるか、その金額と消費税額。
• 登記費用のうち、登録免許税と司法書士報酬が分かれているか。
• 振込手数料をどちらが負担するか。

この4点が確認できれば、仕訳と税区分は決まります。確認できない項目があるときは、書面での回答を求めてください。

注意したいのは、総額だけを提示する会社です。内訳が分からないと、控除できる部分を切り出せないだけでなく、手数料が他社と比べて高いのか安いのかも判断できません。金額の大小より、内訳を示す姿勢があるかどうかを先に見てください。

よくある質問

ファクタリング手数料に消費税は含まれていますか

含まれません。非課税取引のため、税抜・税込の区別なく請求された金額がそのまま手数料です。請求書に消費税額が記載されている場合は、別建ての事務手数料が含まれていないかを確認してください。

ファクタリング手数料は仕入税額控除できますか

できません。消費税が課税されていないため、控除の対象になりません。控除できるのは、司法書士報酬・振込手数料・別建ての事務手数料といった課税される費用です。

ファクタリング会社の登録番号は確認すべきですか

手数料の処理には不要です。課税される付帯サービスを利用する場合のみ、その部分の控除を受けるために適格請求書が必要になります。

インボイス制度で必要な書類は増えますか

ファクタリング取引そのものについては増えません。一方、譲渡する売掛金の元になる請求書（自社が売掛先へ発行するもの）は課税取引なので、適格請求書として発行する必要があります。

3社間の場合、振込手数料の扱いは変わりますか

誰が支払ったかで判断します。3社間では売掛先がファクタリング会社へ直接支払うため、契約によっては振込手数料を売掛先が負担することがあります。自社が支払っていない費用は、自社の課税仕入れにはなりません。契約書で負担者を確認してください。

毎月ファクタリングを使っています。処理は毎回同じですか

契約の形が同じなら、処理も同じです。買取差益は非課税、付帯費用は課税という区分は取引ごとに変わりません。会計ソフトで科目と税区分を設定しておけば、2回目以降は判定の手間がなくなります。ただし、途中で契約内容が変わった場合（手数料の体系が変わった、事務手数料が新設されたなど）は、その時点で見積書を確認し直してください。

簡易課税でも付帯費用の請求書は必要ですか

控除の計算のためには不要です。ただし、取引の証拠書類として保管しておくことは、条件比較や資金繰りの管理のうえで役立ちます。

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• インボイス制度とファクタリングの仕訳
• 免税事業者のファクタリング
• ファクタリング手数料は損金算入できるか
• ファクタリング契約書に印紙税はかかるか

まとめ

ファクタリング手数料は消費税の非課税取引で、仕入税額控除の対象になりません。銀行融資の利息が控除できないのと同じ構造です。適格請求書も交付されないため、ファクタリング会社の登録の有無は処理に影響しません。

一方、司法書士報酬・振込手数料・別建ての事務手数料は課税仕入れなので、適格請求書と帳簿を保存すれば控除できます。見積書で合算されていると控除できる部分を切り出せないため、契約前に内訳の開示を求めてください。

インボイス制度の影響が大きいのは、ファクタリングそのものより売掛先との取引です。自社が登録していない場合、2026年10月1日から売掛先の控除割合が80%から70%に下がります。判断に迷う場合は税理士にご相談ください。条件の比較は ファクタリング会社の比較ページ から確認できます。

参考リンク

• 消費税法基本通達 第6章第3節（国税庁）
• 質疑応答事例 金銭債権の買取り等に対する課税関係（国税庁）
• 令和8年度税制改正特集（国税庁）
• 消費税法（e-Gov法令検索）