インボイス制度とファクタリング｜手数料の消費税と経過措置

インボイス制度とファクタリングの関係を整理する

2023年10月に開始されたインボイス制度（適格請求書等保存方式）は、消費税の仕入税額控除に大きな変化をもたらしました。ファクタリング は売掛債権の売買契約であり、消費税法上は 非課税取引（金融取引） として扱われるのが原則です。そのため「ファクタリング手数料に消費税はかからない」という基本構造は変わっていません。ただし、ファクタリングの周辺領域では 適格請求書の発行事業者登録 売掛先の課税区分 債権額の前提となる請求書の作り方 など、いくつかの実務論点が新たに浮上しています。本記事は国税庁・財務省の一次情報をもとに、インボイス制度がファクタリングに与える影響を中立的に整理します。

あわせて、免税事業者からの仕入れに関する経過措置は令和8年度税制改正で見直され、2026年10月1日から控除割合が80%から70%に下がります。改正前に書かれた解説とは数字が異なるため、本記事では改正後の期間を表にして示します。

そもそもインボイス制度とは

インボイス制度は、課税事業者が 仕入税額控除 を受けるために、適格請求書発行事業者が発行した 適格請求書（インボイス） の保存を義務付ける制度です。適格請求書発行事業者として登録するには、税務署への登録申請が必要で、登録番号（T+13桁）が発行されます。詳しくは国税庁の インボイス制度（適格請求書等保存方式）の概要 に整理されています。

免税事業者からの仕入れに関する経過措置（令和8年度改正で見直し）

インボイス発行事業者以外（免税事業者など）からの課税仕入れについては、仕入税額相当額の一定割合を控除できる経過措置があります。令和8年度税制改正でこの措置は適用期限が2年延長され、控除できる割合が段階的に下がる形に見直されました。

期間	免税事業者からの仕入れの控除割合
2026年9月30日まで	80%
2026年10月1日〜2028年9月30日	70%
2028年10月1日〜2030年9月30日	50%
2030年10月1日〜2031年9月30日	30%
2031年10月1日以降	適用なし

2026年10月1日から控除割合は「70%」に下がります。改正前は同じ時期に50%へ下がる予定だったため、改正前に書かれた解説記事とは数字が食い違います。手元の資料が改正前のものでないか、日付を確かめてから判断してください。

あわせて、2026年10月1日以後に開始する課税期間からは、同じ相手先からの課税仕入れの合計額（税込み）がその年または事業年度で1億円を超える場合、超えた部分にはこの経過措置を使えなくなります（改正前は10億円）。出典は国税庁の 令和8年度税制改正特集 です。

ファクタリング手数料と消費税

まず最初に確認すべきは、ファクタリング手数料の消費税の取り扱いです。

非課税取引としての位置付け

ファクタリングは 金銭債権の譲渡 であり、消費税法第6条第1項および別表第二第3号に定める 非課税取引 に該当します。根拠は法律・政令・通達の3段構えになっています。

段階	根拠	定めている内容
法律	消費税法 別表第二 第3号	利子を対価とする貸付金等は非課税
政令	消費税法施行令 第10条第3項第8号	金銭債権の譲受けその他の承継を含む
通達	消費税法基本通達 6-3-1(10)	金銭債権の買取又は立替払に係る差益

ファクタリング会社が受け取る手数料は、額面と買取価額の差額（買取差益）にあたるため、消費税は課されません。インボイス制度の開始でも、令和8年度税制改正でも、この扱いは変わっていません。税区分の詳細は ファクタリング手数料と消費税 で解説しています。

会計処理での留意点

クラウド会計ソフトで自動仕訳を行う場合、ファクタリング手数料の税区分が 「非課税仕入」 に設定されているかを確認してください。会計処理の詳細は ファクタリングの仕訳と勘定科目 に整理しています。実務では「売上債権売却損」勘定で処理し、税区分を非課税に設定するのが標準です。

付帯費用の取り扱い

ファクタリング契約には、登記費用・印紙代・振込手数料などが付随します。これらは 課税・非課税・不課税 がそれぞれ分かれます。司法書士報酬は課税仕入、印紙代は不課税仕入、登録免許税は不課税仕入、振込手数料は課税仕入、といった具合に処理が分かれるため、明細を確認して計上してください。

ファクタリング会社の適格請求書発行事業者登録

ファクタリング会社自体の適格請求書発行事業者登録は、利用者側にどう影響するでしょうか。

登録の有無は利用者にどう影響するか

前述のとおり、ファクタリング手数料は非課税取引であり、適格請求書の発行対象外です。そのため、ファクタリング会社が適格請求書発行事業者として登録していなくても、利用者の仕入税額控除には直接の影響は出ない のが原則です。ただし、ファクタリング会社が提供する付随サービス（コンサルティング・コミットメントフィー等）に課税取引が含まれる場合は、適格請求書の発行有無が影響します。

登録状況の確認方法

取引先が適格請求書発行事業者かどうかは、国税庁の 適格請求書発行事業者公表サイト で登録番号から検索できます。ファクタリング会社の登録番号は、契約書・利用明細・公式サイトの会社概要に記載されていることがあります。課税仕入れになる付随サービスを利用するときは、事前に登録番号を確認しておくと経理処理で迷いません。

ファクタリング対象となる売掛債権側の論点

インボイス制度の影響がより直接的に表れるのは、ファクタリングで売却する売掛債権の元になる請求書 の側です。

適格請求書発行事業者でない取引先からの債権

ファクタリング会社が買い取る売掛債権は、利用者が取引先（売掛先）に対して発行した請求書をもとに評価されます。この請求書が 適格請求書（インボイス） として発行されていない場合、売掛先（買い手）は仕入税額控除を受けられない、あるいは経過措置により段階的に控除割合が下がります。これは利用者・売掛先間の問題ですが、結果として 取引継続性・売掛先の信用評価 に影響することがあります。

免税事業者がファクタリングを使うとき

年間課税売上高が1,000万円以下の免税事業者は、適格請求書発行事業者として登録するか否かを選択できます。登録すると課税事業者となり、消費税の納税義務が発生します。免税事業者のままでファクタリングを利用すること自体は可能ですが、以下の点に留意してください。

• 売掛先（課税事業者）が、免税事業者からの仕入について 仕入税額控除を段階的に縮小 されることになる。
• 結果として、売掛先から 取引価格の引き下げ・取引縮小 を打診される可能性があり、これが進むと将来の売上見通しに影響する。
• ファクタリング会社側も、こうした取引先側のリスクを与信判定に織り込む可能性がある。

免税事業者のファクタリング利用については、個人事業主向けファクタリングの選び方 や フリーランス向けファクタリング活用法 で実務的な論点を整理しています。

登録番号と請求書記載事項のチェック

記載事項	適格請求書での要件
発行事業者の氏名・名称	必須
登録番号（T+13桁）	必須（適格請求書発行事業者のみ）
取引年月日	必須
取引内容（軽減税率対象である旨を含む）	必須
税率ごとの対価合計および適用税率	必須
税率ごとの消費税額等	必須
書類交付を受ける事業者の氏名・名称	必須（簡易インボイスは省略可）

ファクタリング会社へ提出する請求書は、これらの要件を満たしていることが望ましく、与信判定や買取条件にも有利に働きます。

制度開始後に利用者側で整えること

制度開始から約3年が経ち、ファクタリングの申し込みでも適格請求書への対応が前提になりました。利用者側で整えておくことを3つに絞ります。

請求書の記載事項をそろえる

ファクタリングの審査では、買い取る債権の内容を請求書で確認します。登録番号・税率ごとの対価の合計・消費税額といった記載事項が抜けていると、そのぶん確認のやり取りが増えます。クラウド請求書サービスのテンプレートを使えば記載事項は自動で満たせるため、書式を自作している場合は切り替えを検討してください。クラウド会計連携 に対応したサービスなら、請求書データをそのまま渡せます。

自社と売掛先の登録番号を控えておく

申し込み時に、利用者と売掛先の登録番号の提示を求める会社があります。自社の番号は国税庁の公表サイトで確認でき、売掛先の番号は受け取った請求書や契約書に記載されています。申し込み前に控えておくと、手続きが滞りません。

3社間では売掛先への連絡とあわせて確認する

3社間ファクタリングでは、売掛先（債務者）から債権譲渡の承諾を得る手順があります。その連絡の際に、請求書の記載事項について確認を求められることがあります。2社間と3社間の違いは 2社間と3社間ファクタリングの違い で整理しています。

免税事業者・フリーランスが取るべき対応

免税事業者・フリーランスは、インボイス制度との関係でファクタリング利用前に検討すべき項目があります。

登録するか否かの判断軸

• 主要取引先が課税事業者か：法人相手の取引が中心なら登録の利点が大きい。
• 取引先からの要請：登録を促されている場合、断ると取引量に影響することがある。
• 事務負担：消費税の申告事務が新たに発生する。
• 納税額を抑える特例が使えるか：適用できる期間を次で整理する。

2割特例・3割特例が使える期間

免税事業者からインボイス発行事業者になった場合、納税額を売上にかかる消費税額の一定割合にできる特例があります（小規模事業者に係る税額控除に関する経過措置、通称「2割特例」）。適用できる期間が決まっているため、登録の時期を決める材料になります。

特例	納税額	適用できる期間
2割特例	売上にかかる消費税額の2割	2023年10月1日から2026年9月30日までの日が属する課税期間
3割特例（令和8年度税制改正で新設）	売上にかかる消費税額の3割	個人事業者の2027年分・2028年分の申告

個人事業者の場合、2割特例は2026年分（2027年に行う申告）まで使えます。その後は2027年分・2028年分に3割特例が使えます。3割特例は個人事業者だけが対象で、基準期間（適用を受ける年の2年前）の課税売上高が1,000万円以下であることなどの要件があります。法人の場合、2割特例は2026年9月30日を含む課税期間までで、3割特例の対象にはなりません（出典: 国税庁 2割特例 特設ページ）。

登録しないままファクタリングを使うときの留意点

免税事業者のまま利用しても、ファクタリング契約自体は結べます。ただし以下の点を意識してください。

• 売掛先から取引価格の見直しを打診されることがある。
• 2026年10月以降は経過措置が80%から70%に下がり、取引条件が話し合いの対象になりやすい。
• ファクタリング会社によっては、免税事業者の取引を慎重に審査することがある。

売掛先との取引条件が動くと、買い取ってもらえる債権の金額も変わります。登録の判断を先送りにする場合は、売掛先からの連絡に備えて、直近の取引量と単価を手元で確認できるようにしておいてください。

インボイス時代のファクタリング選びチェックリスト

ファクタリングを選ぶ際に、税務の面から確認しておきたい項目を整理します。

確認項目	確認の意図
ファクタリング手数料の非課税扱い	請求書・明細書で非課税取引として表記されているか。
付帯費用の課税区分	登記費用・印紙代・振込手数料が明細で区分されているか。
適格請求書発行事業者登録の有無	付随サービス（コンサルティング等）を利用する場合に確認。
請求書の記載事項	適格請求書の必須記載事項を満たしているか。
売掛先の登録状況	売掛先が適格請求書発行事業者として登録されているか。
クラウド会計連携	請求書データを連携することで審査がスムーズになるか。

条件別に探す

税務上の扱いを確認したうえで会社を探すときは、以下のページが参考になります。

• 標準手数料のファクタリング会社：手数料の水準から絞り込む
• ファクタリングの仕訳と勘定科目：会計処理の基本
• ファクタリングと消費税の取り扱い：非課税取引の詳細

よくある質問

ファクタリング手数料に消費税はかかりますか

原則としてかかりません。ファクタリングは消費税法上の非課税取引（金銭債権の譲渡）に該当し、手数料部分も含めて消費税は課されません。ただし、付帯サービス（コンサルティング・登記代行等）には課税仕入となるものが含まれることがあるため、明細で区分を確認してください。

免税事業者でもファクタリングは使えますか

使えます。ただし、売掛先（課税事業者）が仕入税額控除を段階的に受けられなくなるため、取引価格の見直しが打診される可能性があります。2026年10月以降は経過措置の控除割合が80%から70%に下がるため、免税事業者のままで取引を続けるか、登録して課税事業者になるかを考える時期にあたります。

経過措置は2029年に終わると聞きましたが本当ですか

令和8年度税制改正で適用期限が2年延長され、終了は2031年9月30日になりました。控除割合も80%・70%・50%・30%と4段階で下がる形に変わっています。改正前の解説では「2026年10月から50%」「2029年9月で終了」と書かれているため、資料の日付を確かめてください。

ファクタリング会社の登録番号は確認すべきですか

ファクタリング手数料自体は非課税のため、必ずしも必須ではありません。ただし、コンサルティング料・事務手数料など課税対象の付帯サービスを利用する場合は、適格請求書発行事業者として登録されているかを国税庁の公表サイトで確認しておくと、後の経理処理が安心です。

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まとめ

インボイス制度は、ファクタリング手数料が非課税であるという基本を変えていません。影響が出るのは、売却する売掛債権の元になる 請求書の作り方、売掛先と自社の登録状況、付帯サービスの課税区分 といった周辺の実務です。

2026年10月1日からは、免税事業者からの仕入れの控除割合が80%から70%に下がります。改正前に書かれた資料では「50%に下がる」となっているため、数字を引用するときは出典の日付を確かめてください。免税事業者のままでいるか登録するかは、主要取引先の構成・事務負担・2割特例と3割特例が使える期間で変わります。どれが有利かは事業の状況によって違うため、判断に迷う場合は税理士や所轄の税務署に相談してください。

ファクタリング会社を選ぶ段階では、手数料の水準と付帯費用の区分を並べて比べることになります。条件の比較は ファクタリング会社の比較ページ から確認できます。

参考リンク

• インボイス制度（適格請求書等保存方式）の概要（国税庁）
• 適格請求書発行事業者公表サイト（国税庁）
• 令和8年度税制改正特集（国税庁）
• 2割特例 特設ページ（国税庁）
• 消費税のインボイス制度・軽減税率制度に関する資料（財務省）
• ファクタリングの利用に関する注意喚起（金融庁）