インボイス制度とファクタリングの仕訳｜何が変わらないか

「インボイス制度が始まったから、ファクタリングの仕訳も変えないといけないのでは」と考えている方に、先に結論をお伝えします。ファクタリング手数料の仕訳と消費税の扱いは、基本的に変わりません。手数料が消費税の非課税取引にあたり、適格請求書（インボイス）が交付される対象ではないためです。

変わるのは、ファクタリングに付随して発生する登記費用や振込手数料などの課税される費用と、売掛先との取引条件です。この記事では、どこが変わらず、どこに手当てが要るのかを国税庁の一次情報をもとに整理します。仕訳のパターンそのものは ファクタリングの仕訳 で詳しく扱っているため、本記事はインボイス制度との関係に絞ります。具体的な税額計算と最終判断は、税理士・公認会計士への相談を前提とした論点整理です。

インボイス制度で変わること・変わらないこと

制度の開始（2023年10月）でファクタリングの経理がどう変わったかを、先に一覧で示します。

論点	インボイス制度の影響
ファクタリング手数料の仕訳	変わらない。「売上債権売却損」などで処理し、税区分は非課税
手数料の適格請求書	交付の対象外。登録番号の確認は手数料の処理には影響しない
司法書士報酬・振込手数料・別建ての事務手数料	変わる。課税仕入れなので、控除を受けるには適格請求書の保存が必要
自社が免税事業者の場合	変わる。登録するかどうかの判断と、2割特例・3割特例の期間
売掛先が免税事業者の場合	変わる。2026年10月から控除割合が80%から70%に下がる

つまり、手を入れる必要があるのは付帯費用の請求書まわりと、取引先との関係の2か所です。仕訳の型そのものを作り直す必要はありません。

手数料に適格請求書が交付されない理由

「ファクタリング会社が適格請求書発行事業者かどうかを確認しないと、手数料分の控除を受けられないのでは」という質問をよく受けます。この心配は当てはまりません。理由は2つあります。

交付義務の対象は課税取引だけ

適格請求書の交付義務を定めた消費税法第57条の4第1項は、適格請求書発行事業者が「国内において課税資産の譲渡等を行つた場合」に交付する、と定めています。非課税取引はここに含まれません。ファクタリング手数料は非課税なので、そもそも適格請求書が発行される取引ではありません。

非課税である根拠

手数料が非課税になる根拠は、法律・政令・通達の3段構えです。

段階	根拠	定めている内容
法律	消費税法 別表第二 第3号	利子を対価とする貸付金等は非課税
政令	消費税法施行令 第10条第3項第8号	金銭債権の譲受けその他の承継を含む
通達	消費税法基本通達 6-3-1(10)	金銭債権の買取又は立替払に係る差益

ファクタリング会社が受け取る手数料は、債権の額面と買取価額の差額（買取差益）です。上の(10)にあたるため非課税で、この扱いはインボイス制度の開始でも、その後の税制改正でも変わっていません。消費税の扱いをさらに詳しく確認したい場合は ファクタリング手数料と消費税 を参照してください。

よくある3つの誤解

• 登録番号がないと控除できない：手数料は課税仕入れではないため、控除の対象外です。
• 経過措置の割合が手数料にも効く：経過措置は課税仕入れの話で、手数料には関係しません。
• 非課税だから帳簿に残さなくてよい：非課税取引も帳簿への記載は必要です。

適格請求書が必要になるのは付帯費用

インボイス制度への対応が実際に必要になるのは、ファクタリングに付随して発生する課税される費用です。

費目ごとの税区分

費目	税区分	適格請求書
ファクタリング手数料（買取差益）	非課税	交付の対象外
司法書士報酬（債権譲渡登記の代行）	課税	控除を受けるなら必要
振込手数料	課税	同上
事務手数料（買取差益と別建て）	課税	同上
コンサルティング料・紹介手数料	課税	同上
登録免許税（債権譲渡登記）	対象外	不要（税金のため）
印紙税（契約書に貼付）	対象外	同上

明細を分けてもらう

問題になりやすいのは、見積書や精算書で手数料と事務手数料が合算されているケースです。合算されていると、どこまでが非課税でどこからが課税なのかを判断できず、控除できるはずの部分を落とすことになります。契約前に内訳の開示を求めてください。内訳を示さない会社は、税区分を決められないだけでなく、他社と条件を比べることもできません。

保存の要件

課税仕入れについて控除を受けるには、帳簿と請求書等の両方の保存が要ります。保存期間は、帳簿はその閉鎖の日、請求書等は受領した日の属する課税期間の末日の翌日から2か月を経過した日から7年間です。ただし6年目と7年目は、帳簿か請求書等のいずれか一方を保存すればよいとされています（出典: 国税庁 No.6496 仕入税額控除をするための帳簿及び請求書等の保存）。電子データで受け取ったものは電子帳簿保存法の要件に沿って保存します。詳しくは 電子帳簿保存法対応のファクタリング書類管理 を参照してください。

立場別に変わること

利用者が課税事業者・簡易課税事業者・免税事業者のどれにあたるかで、手当ての内容が変わります。

本則課税の課税事業者

付帯費用について、適格請求書を受け取って保存します。手数料は非課税なので、控除の計算には入りません。経理では、手数料と付帯費用を別の科目または別の税区分で記帳しておくと、申告時に区分し直す手間が減ります。

簡易課税事業者

簡易課税制度は、「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出した課税事業者が、基準期間（個人事業者は前々年、法人は原則として前々事業年度）の課税売上高5,000万円以下の課税期間について使える制度です。売上にかかる消費税額に、事業区分ごとのみなし仕入率を掛けて仕入れにかかる消費税額を計算します（消費税法第37条）。

この制度を使っている場合、適格請求書を保存しているかどうかにかかわらず、みなし仕入率で計算した金額の控除が認められます。2割特例・3割特例を使っている場合も同じ扱いです（出典: 国税庁 No.6375 税抜経理方式または税込経理方式による経理処理）。付帯費用の適格請求書を集める負担は、本則課税より軽くなります。制度の詳細は 消費税簡易課税事業者の処理 にまとめています。

免税事業者

消費税の納税義務がないため、仕訳に課税区分の判定は入りません。ファクタリングの利用そのものにも制限はありません。ただし、適格請求書発行事業者として登録すると課税事業者になり、消費税の申告が必要になります。

登録した場合に納税額を抑えられる特例があり、使える期間が決まっています。

特例	納税額	使える期間
2割特例	売上にかかる消費税額の2割	2023年10月1日から2026年9月30日までの日が属する課税期間
3割特例（令和8年度税制改正で新設）	売上にかかる消費税額の3割	個人事業者の2027年分・2028年分の申告

個人事業者なら2割特例は2026年分の申告まで、その後は2027年分・2028年分に3割特例が使えます。3割特例は個人事業者だけが対象で、基準期間の課税売上高が1,000万円以下であることなどの要件があります。登録するかどうかの判断材料は 適格請求書発行事業者でないと困るのか で整理しています。

売掛先との関係で変わること

自社の経理より影響が大きいのは、売掛先との取引条件です。ファクタリングで買い取ってもらう債権の金額そのものが動くためです。

経過措置の控除割合が2026年10月に下がる

インボイス発行事業者以外からの課税仕入れについては、仕入税額相当額の一定割合を控除できる経過措置があります。令和8年度税制改正で適用期限が2年延長され、割合が段階的に下がる形に見直されました。

期間	控除できる割合
2026年9月30日まで	80%
2026年10月1日〜2028年9月30日	70%
2028年10月1日〜2030年9月30日	50%
2030年10月1日〜2031年9月30日	30%
2031年10月1日以降	適用なし

改正前は2026年10月から50%に下がる予定だったため、改正前に書かれた解説とは数字が食い違います。あわせて、2026年10月1日以後に開始する課税期間からは、同じ相手先からの課税仕入れの合計額（税込み）がその年または事業年度で1億円を超える場合、超えた部分には経過措置を使えなくなります（改正前は10億円）。出典は国税庁の 令和8年度税制改正特集 です。

自社が免税事業者のままなら、売掛先から取引価格の見直しを打診されることがあります。債権の金額が下がれば、ファクタリングで受け取れる金額も下がります。制度全体の影響は インボイス制度とファクタリング で扱っています。

仕訳例：手数料と付帯費用を分けて記帳する

インボイス制度で気をつけたいのは、非課税の手数料と課税の付帯費用を同じ科目に混ぜないことです。2社間ファクタリングで、売掛金100万円・手数料8万円・登記の司法書士報酬5万5,000円（税込）が発生した場合の記帳例を示します。

取引	借方	貸方	税区分
契約時（債権の譲渡）	未収入金 92万円 ／ 売上債権売却損 8万円	売掛金 100万円	売却損は非課税
司法書士報酬の支払い	支払手数料 5万5,000円	普通預金 5万5,000円	課税仕入れ（適格請求書を保存）
買取代金の入金	普通預金 92万円	未収入金 92万円	対象外

会計ソフトの自動仕訳を使う場合は、売上債権売却損の税区分が「非課税仕入」になっているかを確認してください。既定の設定では課税仕入れとして取り込まれることがあります。2社間・3社間それぞれの一連の仕訳や、勘定科目の選び方は ファクタリングの仕訳 と ファクタリング手数料の勘定科目選択 にまとめています。

よくある質問

ファクタリング手数料は仕入税額控除の対象になりますか

なりません。手数料は消費税の非課税取引（金銭債権の買取差益）にあたり、課税仕入れではないためです。控除の対象になるのは、司法書士報酬・振込手数料・別建ての事務手数料といった課税される費用の部分です。

ファクタリング会社の登録番号を確認する必要はありますか

手数料の処理には必要ありません。ただし、コンサルティング料や事務手数料など課税される付帯サービスを利用する場合は、その部分の控除を受けるために適格請求書が要ります。登録の有無は国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトで確認できます。

簡易課税を使っていますが、適格請求書を集める必要はありますか

控除の計算のためには不要です。簡易課税制度・2割特例・3割特例を適用している課税期間は、適格請求書の保存の有無にかかわらず、みなし仕入率や特別控除額による控除が認められます。ただし、取引の証拠書類として請求書や明細を保管しておくことは、資金繰りの管理のうえでも役立ちます。

3社間ファクタリングだと仕訳は変わりますか

売掛先がファクタリング会社へ直接支払うため、利用者側で預り金の処理が発生しません。ただし、これはインボイス制度の影響ではなく契約形態の違いによるものです。税区分の考え方は2社間と同じです。

免税事業者のままファクタリングを使えますか

使えます。消費税の課税区分の判定も入りません。ただし、売掛先が課税事業者の場合、2026年10月以降は控除割合が80%から70%に下がるため、取引条件の見直しを打診されることがあります。登録するかどうかは、取引先の構成・事務負担・特例が使える期間で判断してください。

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まとめ

インボイス制度が始まっても、ファクタリング手数料の仕訳と税区分は変わりません。手数料は非課税取引で、適格請求書が交付される対象ではないためです。「登録番号を確認しないと控除できない」という心配は当てはまりません。

手当てが要るのは2か所です。1つは付帯費用で、司法書士報酬・振込手数料・別建ての事務手数料は課税仕入れにあたるため、控除を受けるなら適格請求書の保存が要ります。見積書で手数料と合算されている場合は、内訳の開示を求めてください。もう1つは売掛先との関係で、2026年10月1日から経過措置の控除割合が80%から70%に下がります。

どの処理が自社に当てはまるかは、課税事業者・簡易課税・免税事業者のどれにあたるかで変わります。判断に迷う場合は税理士や所轄の税務署に相談してください。会社を選ぶ段階で手数料と付帯費用の区分を比べたい方は、ファクタリング会社の比較ページ を活用してください。

参考リンク

• インボイス制度（適格請求書等保存方式）の概要（国税庁）
• 令和8年度税制改正特集（国税庁）
• No.6496 仕入税額控除をするための帳簿及び請求書等の保存（国税庁）
• No.6375 簡易課税制度適用事業者等の仮払消費税等の経理処理（国税庁）
• 消費税法基本通達 第6章第3節（国税庁）