適格請求書発行事業者のファクタリング｜登録番号と請求書の実務

適格請求書発行事業者として登録した個人事業主・法人がファクタリングを使うとき、結論から言うと手数料の税務上の扱いは登録前と変わりません。手数料が消費税の非課税取引にあたるためです。ファクタリング会社が登録事業者かどうかで選ぶ必要もありません。

登録によって変わるのは、自社が発行する請求書と、ファクタリングに付随して発生する課税される費用の扱いです。この記事では、登録した事業者が実際に整えることを、国税庁の一次情報をもとに整理します。ファクタリングの基礎は ファクタリングとは を、会計処理の全体像は 会計税務×ファクタリング実務深掘り を参照してください。具体的な税額計算と最終判断は、税理士・公認会計士への相談を前提とした論点整理です。

登録してもファクタリング手数料の扱いは変わらない

「登録したから、ファクタリング会社も登録事業者を選ばないと控除できないのでは」と考える方がいます。この心配は当てはまりません。

手数料は非課税取引

ファクタリング手数料（債権の額面と買取価額の差額）が非課税になる根拠は、法律・政令・通達の3段構えです。

段階	根拠	定めている内容
法律	消費税法 別表第二 第3号	利子を対価とする貸付金等は非課税
政令	消費税法施行令 第10条第3項第8号	金銭債権の譲受けその他の承継を含む
通達	消費税法基本通達 6-3-1(10)	金銭債権の買取又は立替払に係る差益

非課税取引には適格請求書が交付されません。適格請求書の交付義務を定めた消費税法第57条の4第1項は、対象を「国内において課税資産の譲渡等を行つた場合」としているためです。手数料は課税仕入れではないので、仕入税額控除の対象にもなりません。

ファクタリング会社の登録の有無で選ぶ必要はない

以上から、次のことが言えます。

• ファクタリング会社が登録事業者でなくても、手数料の処理は変わらない。
• 未登録の会社を使っても、手数料について不利になることはない。
• 免税事業者からの仕入れの経過措置も、手数料には関係しない。

「登録事業者を選ぶほうが税務上有利」という説明を見かけたら、それは手数料を課税仕入れと取り違えています。登録の有無を会社選びの基準にすると、手数料率や入金スピードで不利な選択をしかねません。

では何を基準に選ぶか

手数料の水準、入金までの日数、2社間か3社間か、必要書類、償還請求権の有無といった契約条件で比べてください。とくに見積書で手数料と事務手数料が分かれているかは、実質的な負担額を他社と比べられるかどうかに直結します。当サイトが掲載する会社は、手数料の区分や入金スピードで絞り込めます。ファクタリング会社の比較ページ から条件を指定して確認できます。

自社が発行する請求書で整えること

登録によって実際に変わるのは、自社が売掛先へ発行する請求書です。ファクタリングでは、この請求書が買い取ってもらう債権の内容を示す書類になります。

適格請求書の記載事項

記載事項	補足
適格請求書発行事業者の氏名・名称	屋号だけでは足りない場合がある
登録番号（T＋13桁）	登録後に税務署から通知される
取引年月日	一定期間分をまとめる場合はその期間
取引内容	軽減税率の対象ならその旨
税率ごとに区分した対価の額・適用税率	税抜または税込で記載
税率ごとに区分した消費税額等	端数処理は税率ごとに1回
書類の交付を受ける事業者の氏名・名称	売掛先の名称

ファクタリングの審査で請求書がどう使われるか

買取額は、請求書が示す債権の金額・支払期日・売掛先の信用をもとに判断されます。記載事項が抜けていると、内容の確認に時間がかかり、入金までの日数が延びることがあります。クラウド請求書サービスのテンプレートを使えば記載事項は自動で満たせるため、書式を自作している場合は切り替えを検討してください。

3社間では売掛先への連絡とあわせて確認する

3社間ファクタリングでは、売掛先（債務者）から債権譲渡の承諾を得る手順があります。このとき、売掛先が請求書の内容と譲渡の対象を突き合わせることになるため、請求書の番号・金額・支払期日が契約書と一致しているかを事前に確かめておくと、承諾の取得が滞りません。2社間と3社間の違いは 2社間と3社間ファクタリングの違い で整理しています。

適格請求書が必要になる費用

インボイス制度への対応が実際に必要になるのは、ファクタリングに付随して発生する課税される費用です。

費目ごとの税区分

費目	税区分	適格請求書
ファクタリング手数料（買取差益）	非課税	交付の対象外
司法書士報酬（債権譲渡登記の代行）	課税	控除を受けるなら必要
振込手数料	課税	同上
事務手数料（買取差益と別建て）	課税	同上
登録免許税・印紙税	対象外	不要（税金のため）

見積書で手数料と事務手数料が合算されていると、どこまでが非課税でどこからが課税かを判断できません。契約前に内訳の開示を求めてください。仕訳の切り方は インボイス制度とファクタリングの仕訳 にまとめています。

保存の要件

課税仕入れについて控除を受けるには、帳簿と請求書等の両方の保存が要ります。保存期間は、帳簿はその閉鎖の日、請求書等は受領した日の属する課税期間の末日の翌日から2か月を経過した日から7年間です。6年目と7年目は、帳簿か請求書等のいずれか一方を保存すればよいとされています（出典: 国税庁 No.6496 仕入税額控除をするための帳簿及び請求書等の保存）。

免税事業者から登録するかどうかの判断

まだ登録していない場合、判断材料は次の3点です。

• 主要取引先の構成：本則課税の事業者が中心なら、登録の利点が大きい。
• 事務負担：消費税の申告事務が新たに発生する。
• 特例が使える期間：納税額を抑える特例に期限がある。

2割特例・3割特例が使える期間

特例	納税額	使える期間
2割特例	売上にかかる消費税額の2割	2023年10月1日から2026年9月30日までの日が属する課税期間
3割特例（令和8年度税制改正で新設）	売上にかかる消費税額の3割	個人事業者の2027年分・2028年分の申告

個人事業者なら2割特例は2026年分の申告まで、その後は2027年分・2028年分に3割特例が使えます。3割特例は個人事業者だけが対象で、基準期間（適用を受ける年の2年前）の課税売上高が1,000万円以下であることなどの要件があります。法人の場合、2割特例は2026年9月30日を含む課税期間までで、3割特例の対象にはなりません（出典: 国税庁 2割特例 特設ページ）。

これらの特例を使っている課税期間は、適格請求書を保存しているかどうかにかかわらず、特別控除額による控除が認められます。付帯費用の請求書を集める負担はその分軽くなります。登録するかどうかの詳しい判断材料は 適格請求書発行事業者でないと困るのか を参照してください。

売掛先との関係で変わること

自社の経理より影響が大きいのは、売掛先との取引条件です。買い取ってもらう債権の金額そのものが動くためです。

経過措置の控除割合が2026年10月に下がる

インボイス発行事業者以外からの課税仕入れについては、仕入税額相当額の一定割合を控除できる経過措置があります。令和8年度税制改正で適用期限が2年延長され、割合が段階的に下がる形に見直されました。

期間	控除できる割合
2026年9月30日まで	80%
2026年10月1日〜2028年9月30日	70%
2028年10月1日〜2030年9月30日	50%
2030年10月1日〜2031年9月30日	30%
2031年10月1日以降	適用なし

改正前は2026年10月から50%に下がる予定だったため、改正前に書かれた解説とは数字が食い違います。あわせて、2026年10月1日以後に開始する課税期間からは、同じ相手先からの課税仕入れの合計額（税込み）がその年または事業年度で1億円を超える場合、超えた部分には経過措置を使えなくなります（改正前は10億円）。出典は国税庁の 令和8年度税制改正特集 です。

自社が登録していれば、売掛先はこの経過措置を気にせず控除を受けられます。これが登録の実質的な利点です。制度全体の影響は インボイス制度とファクタリング で扱っています。

登録後にそろえておくもの

ファクタリングを使う場面で手間取らないよう、登録後に用意しておくものを整理します。申し込みのたびに探し直す必要がなくなります。

そろえるもの	使う場面
自社の登録番号（T＋13桁）	請求書の発行、申し込み時の入力
記載事項を満たした請求書の書式	債権の内容を示す書類として提出
売掛先ごとの請求書と入金の履歴	取引実績の確認（継続取引ほど審査で有利に働く）
手数料と付帯費用が分かれた見積書	税区分の判断、他社との条件比較
付帯費用の適格請求書	課税仕入れの控除、7年間の保存

このうち手数料と付帯費用が分かれた見積書は、税務処理だけでなく条件比較にも効きます。総額だけを示す会社は、実質的な負担がいくらなのかを他社と比べられません。

電子帳簿保存法への対応

適格請求書を電子データで受け取った場合は、電子帳簿保存法に沿った電子保存が必要です。紙で受け取ったものは、原本を保存するか、スキャナ保存の要件を満たして電子化します。ファクタリングでは契約書・請求書・入金明細が電子でやり取りされることが多いため、受け取り方ごとの保存方法を決めておくと迷いません。詳細は 電子帳簿保存法対応のファクタリング書類管理 を参照してください。

よくある質問

ファクタリング会社が適格請求書発行事業者かどうかを確認すべきですか

手数料の処理のためなら確認は不要です。手数料は非課税取引で、適格請求書が交付される対象ではありません。ただし、コンサルティング料や別建ての事務手数料など課税される費用を支払う場合は、その部分の控除を受けるために適格請求書が要ります。登録の有無は国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトで確認できます。

登録事業者のファクタリング会社を選ぶほうが有利ですか

手数料の税務上の扱いは、相手が登録していてもいなくても変わりません。会社選びは、手数料の水準・入金までの日数・必要書類・契約条件で比べてください。

未登録の会社を使うと経過措置の対象になりますか

なりません。経過措置は免税事業者などからの課税仕入れについて控除割合を認めるものです。ファクタリング手数料は課税仕入れではないため、対象外です。

登録番号はどこで確認できますか

国税庁の「適格請求書発行事業者公表サイト」で、登録番号または事業者名から検索できます。自社の番号は登録後に税務署から通知されます。

2割特例はいつまで使えますか

2023年10月1日から2026年9月30日までの日が属する課税期間です。個人事業者なら2026年分の申告まで使えます。その後、個人事業者は2027年分・2028年分に3割特例を使えます。

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• 消費税簡易課税事業者の処理
• 電子帳簿保存法対応のファクタリング書類管理
• 会計税務×ファクタリング実務深掘り

まとめ

適格請求書発行事業者として登録しても、ファクタリング手数料の扱いは変わりません。手数料は非課税取引で、適格請求書が交付される対象ではないためです。ファクタリング会社の登録の有無を選定基準にする必要はありません。

登録によって実際に変わるのは2つです。1つは自社が発行する請求書で、登録番号と税率ごとの金額を記載します。もう1つは付帯費用で、司法書士報酬や振込手数料は課税仕入れにあたるため、控除を受けるなら適格請求書の保存が要ります。

まだ登録していない場合は、取引先の構成・事務負担・特例が使える期間で判断してください。2026年10月1日からは、免税事業者からの仕入れの控除割合が80%から70%に下がります。判断に迷う場合は税理士や所轄の税務署に相談してください。会社の条件を比べたい方は ファクタリング会社の比較ページ を活用してください。

参考リンク

• インボイス制度（適格請求書等保存方式）の概要（国税庁）
• 適格請求書発行事業者公表サイト（国税庁）
• 令和8年度税制改正特集（国税庁）
• No.6496 仕入税額控除をするための帳簿及び請求書等の保存（国税庁）
• 消費税法基本通達 第6章第3節（国税庁）